در پى اعزام پورمحمدى به عنوان نماينده اختصاصى احمدى نژاد براى هماهنگى با جامعه مدرسين حوزه علميه قم، اعضاى اين تشكل در جلسه اى با حضور وزير كشور دولت احمدى نژاد به نحو بى سابقه اى از عملكرد دولت و مواضع رئيس جمهور انتقاد كرده اند.
به گزارش سايت اينترنتى روز تعيين فرستاده ويژه براى شركت در جلسه جامعه مدرسين به دنبال طرح بحثى در دولت صورت گرفته بود مبنى بر اينكه تعدادى از تشكل هاى اصلى اصولگرايان به نحوى راه خود را از دولت جديد جدا كرده و يا با در پيش گرفتن سكوت، از حمايت دولت دست برداشته اند. در نتيجه احمدى نژاد تصميم گرفته بود يكى از اعضاى دولت را براى هماهنگى ونزديكى بيشتر با تشكل هاى اصلى اصولگرا تعيين كند.
اما تلاش دولت براى بازسازى رابطه خود با مهمترين تشكل مذهبى اصولگرايان با ناكامى مواجه شد، به طورى كه بر اساس اخبار رسيده جلسه نماينده دولت با جامعه مدرسين با تنش به پايان رسيد و پس از آن نيز دو تن از اعضاى اين تشكل يعنى احمد خاتمى امام جمعه موقت تهران و ابوالقاسم خزعلى رئيس بنياد غدير با اعتراض به انتقادات بعضى از اعضاى اين تشكل مهم روحانى عليه دولت جديد، از حضور در جلسات اخير شوراى مركزى جامعه مدرسين خوددارى كرده اند.
محور اصلى انتقاد دولت به جامعه مدرسين، عدم حمايت اين تشكل از دولت جديد و شخص رئيس جمهور و بى توجهى به سخنرانى ها و فعاليت هاى بعضى از اعضاى اين گروه از اساتيد حوزه در نقد دولت جديد بود.
از آن سو اعضاى جامعه مدرسين نيز در محورهايى همچون عملكرد بى حاصل دولت در زمينه سياست خارجى، مفاسد اقتصادى و مافياى نفتى، وعده هاى نسنجيده وى در سفرهاى استانى، بى پروايى اعضاى دولت از استفاده از صفت اسلامى و دولت كريمه براى خود و بهره بردارى سياسى از تقدس امام زمان به انتقاد از دولت پرداخته اند.